日本に棲息するのは、マシジミ、セタシジミ、ヤマトシジミの３種。
・マシジミ：本州以南の小川など純淡水域に棲み、市場へは殆ど出回らない。
・セタシジミ：瀬田川など琵琶湖水系の固有種。生産量は約230ｔ（㍻15年）と少なく、市場にはわずかに出回るのみ。
・ヤマトシジミ：汽水域に多く生息し、島根県の宍道湖や青森県の十三湖などでの生産が多い。通常出回るのは、殆どが本種。
　シジミは年中出回っているので、あまり旬を意識しませんが、主力のヤマトシジミは夏場に産卵を迎えるため、土用の頃が身が太っていておいしく、旬とされます。昔から「土用のシジミは腹薬」と云われ、肝臓に効くとされていました。これはメチオニン、タウニン、ビタミンＢ12などの働きによるそうです。また、カルシウムや鉄分などミネラルもバランスよく含まれ、まさに栄養価の優れた健康食品です。
　料理は、やはりみそ汁、すまし汁が一番。貝類の旨みはコハク酸が主成分で、昆布を加えるとグルタミン酸との相乗効果でさらにおいしくなります。汁に旨みを出すためには、水からシジミを入れて炊くことがポイント。その他、アサリと同様、酒蒸し、バター焼き、シジミのパスタもＧｏｏｄです。
【砂出し】
・産地でも砂出しを行なっていますが、完全ではないので、買い求めたらば砂出しをしましょう。海水より薄めの１％程度の食塩水に３～４時間程度つけます。砂出しが終わったら、お米をとぐように貝を良く洗います。